Станет ли городом поселок строителей железнодорожного моста через реку Обь, возникший весной 1893 года, — не знал никто.
Город ведь не планировался. Предполагалось, что будет какой-то поселок в районе станции Обь, где были депо и мастерские, одно время — и главные мастерские с численностью в 3 тысячи рабочих, которые затем были переведены в Красноярск. Что же касается поселка строителей моста, то считалось, что часть людей переберется на другие объекты Среднесибирской дороги (так назывался участок Транссибирской магистрали от Оби до Енисея), часть — вернется к местам своего постоянного проживания — в Европейскую Россию. Поэтому центральные и местные губернские власти в Томске никак не могли принять решение о статусе этого населенного пункта. Сохранять его как поселок, а вдруг он перерастет эти рамки, сделать городом — может не дотянуть. Как было с Колыванью: железная дорога и мост прошли стороной, и этот старый город потерял свое будущее, люди стали уезжать. Тем временем численность населения поселка у моста росла очень быстро. Новые места вообще притягивают население, особенно его предприимчивую часть. На новых местах можно быстрее сколотить капитал, развернуть свое дело, поставить его на ноги. Те, кто понимали, что здесь может возникнуть большой город, старались застолбить место. В частности, некоторые колыванские купцы начинают свертывать свою деятельность и перебираются сюда. Стремилось на новое место и купечество из европейской части России: определенный капитал уже накоплен, но для расширения деятельности и быстрого оборота этого капитала нужны новые сферы приложения. Деньги вкладывались в сибирскую золотопромышленность, перерабатывающие предприятия. Так что было ради чего сюда стремиться.
Многочисленные просьбы и настойчивые прошения, направляемые местными жителями в адрес правительства и лично царю, в конце концов, дали положительный результат. 28 декабря 1903 года, через десять лет после своего возникновения, поселение превратилось в город — царь Николай II утвердил решение Совета Министров о возведении поселка Новониколаевска в статус безуездного города Томской губернии с упрощенным городским управлением. К этому времени в поселке насчитывалось уже 20 тысяч жителей. Согласно закону, управлялся такой город Собранием городских уполномоченных. Выбирали их местные жители, причем к выборам допускались те, кто имел недвижимость стоимостью не ниже 100 рублей — это была самая низкая шкала, которая разрешалась законом. Означало это, что участие в выборах может принять максимальное число жителей поселка Новониколаевского. Собрание в составе 15 уполномоченных и семи кандидатов было выбрано в 1904 году. Из своей среды они в свою очередь выбрали городского старосту — им стал барнаульский купец И. Т. Суриков.
11 ноября 1908 г. Николай II утвердил положение Совета Министров о введении в городе Новониколаевске Томской губернии городового управления в полном объеме. Город при этом получал определённыё преимущества.
Безуездный город Новониколаевск исключался из списка городских поселений империи, имеющих упрощенное общественное устройство, и в нем вводилось общественное управление в полном объеме согласно Городовому положению 1892 года, а это означает наличие Городской Думы и Городской управы. Если прежде все вопросы городского устройства обязательно проходили процедуру консультаций или разрешения губернских властей в Томске, либо Кабинета Его Императорского Величества в Барнауле, либо центральных властей, то теперь с созданием Городской думы жители получили возможность часть вопросов (не самых, конечно, главных) решать на месте. У города появился свой бюджет, в нем оседала часть налогов, которые собирались с населения (прежде они уходили в государственную казну либо в распоряжение губернских властей). Стало возможно финансировать развитие города: его благоустройство, строительство дорог, школ и больниц.
Первый городской голова — Владимир Жернаков приступил к обязанностям в мае 1909 года.